Der Vertrag sieht schrittweise Änderungen in der Zusammensetzung der Kommission vor. Ab 2005 wird die Kommission aus einem nationalen Mitgliedstaat pro Mitgliedstaat bestehen. Nach dem Beitritt des 27. Staates wird die Zahl der Kommissare geringer sein als die Zahl der Mitgliedstaaten, und die Kommissare werden nach einem Rotationssystem ausgewählt, das auf dem Gleichheitsgrundsatz beruht. Es wurde jedoch keine Einigung über die Zahl der Kommissionsmitglieder und das Rotationsverfahren auf der Grundlage der Gleichstellung erzielt, aber der Vertrag sieht vor, dass der Rat alle noch offenen Fragen nach dem Beitritt des 27. Mitgliedstaats regeln muss. Der Vertrag von Amsterdam wurde vom Europäischen Rat vom 16./17. Juni 1997 in Amsterdam gebilligt und am 2. Oktober 1997 von den Außenministern der fünfzehn Mitgliedstaaten der Europäischen Union unterzeichnet. Am 1. Mai 1999 trat sie in Kraft, nachdem sie von allen Mitgliedstaaten nach ihren eigenen verfassungsrechtlichen Vorschriften ratifiziert worden war.

Das Mitentscheidungsverfahren erfordert einen Konsens zwischen dem Rat und dem Europäischen Parlament für die Annahme der betreffenden Bestimmungen. Dieses Verfahren wurde durch den Vertrag von Maastricht eingeführt und durch den Vertrag von Amsterdam (Artikel 251, früher Artikel 189b) weiter erweitert und vereinfacht. Ziel war es, die Befugnisse des Europäischen Parlaments zu stärken, das sich nun mehr die Gesetzgebungsbefugnis mit dem Rat teilt, und dem europäischen institutionellen Rahmen eine zweikammerige Dimension verleiht. Die Kommission hat zu Recht auf die Unvereinbarkeit hingewiesen, die Einstimmigkeit im Rat mit dem Mitentscheidungsverfahren zu verbinden, und folglich die Angleichung der Abstimmung mit qualifizierter Mehrheit und des Mitentscheidungsverfahrens vorgeschlagen. Im Vertrag von Nizza wurde die Anwendbarkeit des Mitentscheidungsverfahrens verlängert (siehe Kapitel 4.2). Der Vertrag von Nizza hat die Möglichkeit eingeführt, eine verstärkte Zusammenarbeit im Bereich der Gemeinsamen Außen- und Sicherheitspolitik ,zweite Säule, für die Durchführung gemeinsamer Maßnahmen oder einer gemeinsamen Politik zu etablieren. Eine verstärkte Zusammenarbeit dieser Art kann nicht für Fragen genutzt werden, die militärische Auswirkungen haben oder Verteidigungsfragen betreffen. Der Rat erteilt die Genehmigung für eine verstärkte Zusammenarbeit nach Erhalt der Stellungnahme der Kommission, insbesondere über die Kohärenz dieser verstärkten Zusammenarbeit mit den Politiken der Union.